Crohnova nemoc se projevuje bolestí břicha, nejčastěji v podbřišku – není podmínkou, častým průjmem bez příměsy krve, teplotou do 38°C a úbytkem váhy.

Náhlý začátek onemocnění může napodobit zánět slepého střeva, pacienti jsou pro tuto diagnózu často operováni, avšak odstranění slepého střeva může vést ke vzniku píštělí. Prvním příznakem může být střevní neprůchodnost, při postižení velkého úseku střeva i těžká podvýživa (malabsorbční syndrom), případně i mimostřevní příznaky. Mezi tyto nejčastěji patří např. bolesti kloubů, abscesy či píštěle v oblasti hýždí.

Běžným fyzikálním vyšetření lékařem lze pouze vyslovit podezření na Crohnovu nemoc, pro přesné určení je potřeba udělat řadu specializovaných vyšetření celého trávicího ústrojí. Mnozí z postižených jsou často nespokojeni se špatnou identifikací nebo vyslovením podezření na nemoc ze strany lékaře a proto nedostatečnou nebo úplně špatnou počáteční léčbou.

Ulcerózní kolitida se projevuje průjmem s příměsí hlenu a krve, hlavním příznakem je i časné nucení na stolici
Při lehkém průběhu nemoci je hlavním příznakem právě nucení na stolici a krvavý hlen, průjem není podmínkou. Pro středně těžký tvar je typický průjem s příměsí krve a hlenu. Při postižení celého střeva při těžkém průběhu nemoci jsou hlavním příznakem vodnaté průjmy s krví, horečka, možnost vzniku septického stavu s ohrožením života pacienta a s nutnostní intenzívního léčení. Také ulcerózní kolitida se může projevit mimostřevními příznaky.