Operace je prováděna v komplikovaných případech, nebo tehdy, pokud organismus nereaguje na léky a nemoc je lokalizována v jedné oblasti, která může být odoperována. Často se operuje v těchto případech:

  • stenóza
  • fistule
  • ileus (neprůchodnost střeva)
  • rakovina tlustého střeva, konečníku a apendixu, či rakovina tenkého střeva.

V případě stenózy se provádí rozšíření postiženého místa. V ostatních případech je třeba provést resekční zákrok, tedy odebrat postiženou část střeva a spojit zdravé části. Toto sice vyřeší akutní problém, avšak nevyléčí Crohnovu chorobu, která se obvykle později projeví v jiných, dříve nenapadených oblastech střev.