Terapeutický přístup při léčení je sekvenční: v první fázi je třeba léčit akutní onemocnění. Protože Crohnova choroba je nemocí, kterou se často nedaří vyléčit absolutně, je ve fázi druhé třeba rozsah onemocnění udržovat na minimální úrovni, v remisi.

Při léčbě se nejprve nasazují protizánětlivé léky s cílem redukce zánětu. Běžně se používají aminosalicyláty (např. mesalazin), kortikosteroidy a imunosupresiva. Antibiotika se podávají jen v případě infekčních komplikací. V případě srůstů znemožňujících průchodnost střev, tvorby abscesů, či pokud organismus v přiměřené době nereaguje na léky, může dojít k nutnosti operačního zákroku.

Poté, co se v průběhu léčby dosáhne stádia remise, je cílem udržování tohoto stavu a zamezení nového propuknutí nemoci. Vzhledem k vedlejším efektům léčby je třeba se vyvarovat dlouhodobého užívání kortikosteroidů. I přesto, že je řada pacientů schopna udržet remisní stav choroby pouze pomocí aminosalicylátů, mnozí potřebují užívat léky na potlačení funkce imunitního systému, tzv. imunosupresiva.