U pacientů s nespecifickými střevními záněty lze k získání diagnózy využítendoskopických vyšetření, tj. vyšetření trávicí trubice ohebným či tuhým přístrojem. Při podezření na ulcerózní kolitidu se vždy provádí retroskopické vyšetření (vyšetření konečníku tuhým přístrojem), kterým se dá vyšetřit až 25 cm konečníku od svěračů. U pacientů s ulcerózní kolitidou je konečník postižen vždy. Vyšetření celého tlustého střeva ohebným přístrojem – koloskopie – se provádí při podezření na UC i MC. U pacientů s ulcerózní kolitidou slouží toto vyšetření především ke zjištění rozsahu onemocnění, u pacientů s Crohnovou nemocí ke zjistění, zda je postižen konečník či tlusté střevo a v jakém rozsahu. Většinou lze proniknout i do konečné části tenkého střeva (terminální ileum), které Crohnova nemoc typicky postihuje.

Příprava před rektoskopií je minimální, vyžaduje pouze ranní defekaci (stolici). Před koloskopií je nutné již dva dny před vyšetřením dodržovat bezezbytkovou dietu, den před vyšetřením spíše tekutou stravu. Odpoledne před vyšetřením je nutné střevo bezvadně vyčistit pomocí roztoku kontaktních solí podaných ústy (fosfátové soli, hořečnaté soli) a vypít minimálně 3 až 4 litry tekutiny, nebo třeba přípravkem ForTrans pomocí kterého se připravý právě 3-4 litry tekutiny, kterou je potřeba postupně vypít.

U pacientů s Crohnem je dobré vyšetřit i horní trávicí trubice a o vzhledem k tomu, že nemoc může postihnout celou část trávicího ústrojí. Je tedy třeba provést gastroskopii(vyšetření jícnu, žaludku a dvanáctníku ohebným přístrojem).

Výhodou těchto vyšetření je možnost přímého pohledu na nemocné střevo a odběr vzorku pro histologické vyšetření k potvrzení či vyvrácení diagnózy, je možné vykonat i drobný operační zákrok.