Diagnostikovat správně některou z forem nespecifického onemocnění střev není úplně jednoduché. U drtivé většiny pacientů je možnost postižení právě MC nebo UC špatně identifikována a pacient je z počátku léčen pro něco jiného. Teprve zkušený gastroenterolog může provést řadu speciálních vyšetření, které mají tato onemocní potvrdit nebo vyvrátit. Důležité je, aby nemoc byla podchycena v počátku a pacinet zbytečně netrpěl.